用微生物製造食品添加物與其它有用物質已眾所皆知，基改細菌與真菌則能為工業界製造更多具有經濟效益的物質，例如：食品添加物、胺基酸、維他命、香料、酵素等。
舉例說明如下：
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維他命B2（著色劑、rivoflavin
E101），維他命C（防腐、ascorbic
acid E300）
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增稠劑、三仙膠(E415)、酸性調節劑、檸檬酸(E330)
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防腐劑、真菌抑制劑(natamycin，E235)、乳酸鏈球素(nisin
，E234)、溶菌酶(lysozyme，E1105)
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各類胺基酸用以增進動物飼料品質，亦用於食品中，如：加味劑麩氨酸(E621)、甜味劑(E951)、麵粉處理劑半胱氨酸(E921)。
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各類酵素用於製作起司、麵包、烘培產品、酒精類飲料、果汁、葡萄糖漿、玉米糖漿以及其他澱粉類產品。
基改微生物：增加產量、簡化系統
在製造如維他命、酵素、胺基酸等物質時，可利用基改工程來增加產量。舉例說明如下：
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對於自然存在於微生物的物質，可利用基改技術改造出較強的啟動基因，而製造出更多由該基因編碼所產生的酵素。同樣的，這個技術也能確保不斷地製造出想要的物質。因為通常微生物在製造物質到一定的數量後，會自動停止生產，而基因工程能將這個停止機制關掉。
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有些重要的物質只能從某些特別難培育的微生物中製造出來。像這種情形，就可利用基因改造工程把特定的基因轉殖到比較好培育的微生物中，讓物質製造過程更順利。
就連培育細菌與真菌用的營養劑都有很多是從基改生物來的。微生物需要的蛋白質、澱粉、糖等等都是從基改大豆或玉米中生產出來的。
生技生產方法
運用基改微生物來製造物質是在發酵槽中進行的。利用密閉的不鏽鋼槽製造出最理想的生長環境，好讓微生物大量繁殖並大量生產想要的物質。當微生物的生長與生產期停止時，便可將想要的物質分離提煉出來。最後的成品中找不到任何微生物的痕跡，也查不到任何微生物的DNA。
安全性
法律對維他命以及食品添加物的安全性標準是要求絕對的純淨。無論是自化學、一般生物，或是基改生物中製造出來的成品，都必須達到化學上絕對純淨的程度。
標示
使用基改微生物製造出來的食品添加物並不一定要在成品上做標示，因為基改生物沒有直接影響到最後的成品。再者，由於成品已經嚴密地純淨化，沒有任何基改生物殘留，如此製造出來的維他命與食品添加物則不受特殊規定或標示的限制。
某些情況下，胺基酸與酵素在法律上並不屬於食品類，而是視為加工輔助劑。所以法律沒有規定必須在成分表中表明這些添加物的數量。
