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1996- 中興大學葉錫東教授研發抗輪點病毒基改木瓜，並開始進行基改木瓜進行田間抗病及性狀評估。
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2003-07.11
抗輪點病毒基改木瓜核准進行田間試驗。
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2003-09.15
基改木瓜違法上市
趙永清立委與環境品質文教基金會指出，沒有通過毒理及其他相關檢測的基改木瓜，已經違法上市。趙立委表示，農委會應立即徹查基改木瓜種苗的流向，並集中銷毀。同時，行政院也應立即提出「基因改造生物安全管制法」。 source
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2003-11.04
基改木瓜在台違法上市
衛生署藥檢局分別在8月底、9月初及10月初，分別在7個縣市抽驗70件市售木瓜，其中有7件木瓜檢出基因改造成分。Source
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2004-06.29
環保團體抗議基改木瓜
環境品質文教基金會於27日發表聲明，反對國內種植基改木瓜，其理由是 1.)
可能如夏威夷農民反而不能外銷而遭損失；2.)
基改標示混雜不清，取締稽查不易，消費者無所適從；3.) 我國可能無法成為非基改農區，不利國產水果外銷...
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2004-11.4
農委會加強基改木瓜種苗管理
農委會已就國內基因轉殖木瓜問題，擬訂基因轉殖植物種苗管理措施，並函請各相關縣市政府加強宣導與配合抽查。農委會針對執行基因轉殖木瓜試驗之研究單位，調查其周遭方圓兩公里處是否有木瓜果園，並取樣檢測。經查訪結果，除該會農試所農場附近之兩處果園，經分子檢測呈陽性反應，證實有部分基因轉殖木瓜植株；但南投地區兩處果園，以及中部最具規模之台農木瓜種苗場，與中興大學北溝農場周圍，以及該會農試所嘉義分所、花蓮場、種苗場暨屏東種苗繁殖中心等單位方圓兩公里內進行訪查，均無木瓜果園存在。農委會於今年九月三十日修正「種苗業者設備及標示準則」，明定銷售之種苗為基因轉殖者，應標明其為基因轉殖植物。其未依規定標示者，將依植物種苗法第四十四條處新台幣九千元以上六萬元以下罰鍰。
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2006-05-24
偷種基改木瓜引起農民反彈 報載尚在試驗階段，未經核准種植的基改木瓜已流到民間，被違法偷種，可能對木瓜外銷日本造成阻礙；「長治鄉農會總幹事劉宗鑫說，栽種基改木瓜的木瓜農會害死大家，太可惡了，政府應確實調查並公告，以免造成無辜農民的損失」。
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2006-08-30
農糧署輔導建立優良木瓜種苗業者制度，在2005年辦理4場法規宣導說明會與17場木瓜產銷班座談會，2006年18場農民講習與2場木瓜種苗繁殖業者宣導說明會；強調違法者將處100萬以上500萬以下罰鍰。
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2006-11-9 農糧署訂定木瓜種苗業者檢查作業程序，抽驗是否含違法基改木瓜。
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2007-06
某種苗商被農糧署查獲私自繁殖基改木瓜苗，罰鍰1百萬元。
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2008-12
該種苗商認為無非法販賣事實其起行政訴訟，已被臺北高等行政法院判決駁回。
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2010-06-22
農糧署公告許可「雙重抗木瓜輪點病毒及木瓜畸葉嵌紋病毒性狀基因轉殖木瓜田間試驗」部分試驗項目。按葉錫東教授所研發抗木瓜輪點病毒第一代基改木瓜迄今都未通過安全試驗，但已經對畸葉嵌紋病毒感病，因此葉教授研發雙抗基改木瓜重新申請間試驗。
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2011-04-20 我國木瓜種子銷售到日本沖繩，被檢測出其中混有基改種子。已種植者其植株被銷毀，未種植的種子被回收。Source
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2015-04-16
農委會今年2月公告「雙重抗木瓜輪點病毒及木瓜畸葉嵌紋病毒性狀基因轉殖木瓜田間試驗」未通過。https://www.newsmarket.com.tw/blog/68393/
