我國迄今仍未核准基改作物的種植，目前市面上可以買到的基改食品全部都是進口的。
我國研發過的基改作物
美國1996年開始量產基改大豆與玉米，當時我國也有學者研發出抗輪點病基改木瓜。
其後陸續有水稻、馬鈴薯、青花菜、香蕉、鳳梨、矮牽牛、菊花、蝴蝶蘭、文心蘭等作物，以及豬、羊、與若干水產進行基因改造研發。
以上的研發只有三種進入田間試驗，其中的基改水稻未通過，基改木瓜申請者自行撤銷，基改文心蘭雖然在2015年通過環境影響，但是農委會在整體考量下仍然不允許上市。
農委會在2003年核准基改木瓜進行田間試驗，但馬上被民間團體爆料，基改木瓜已流落民間種植。《植物品種及種苗法》在2004年通過，就規定未經政府許可，不得私下販售基改種苗供生產
。
此外也改善木瓜種苗供應系統，並加強抽驗，現今國內已不見基改木瓜的上市。
在美國，基改作物的研發都是大公司進行，公司擁有多項基改專利，人力財力都很充沛，因此基改品項一件件出現。
反觀我國，都是大學、學術機構申請國家科學研究計畫在進行，並沒有上市的壓力，而受限於試驗田與田間人力不足，田間試驗的部分比較困難進行，因此難以跟跨國公司相比。
我國基改食品的管理
立法院於2014年修法通過《食品安全衛生管理法》，確定基改食品健康風險管理的追蹤追溯制度，即進口上市前要經審核，基改產品在上、下游業者間的傳遞都要註明號列，以及上市
要標示等。
我國基改標示的規範有幾個特點：
1.採用基改產品的食品就需要標示含基改成分，包裝或者散裝的都要；
2.未採用基改產品的食品，若含有意料外的基改成份，不得超過3%(同韓國，高於日本的5%，低於歐盟的0.9%)；
3.高層次加工如黃豆油、醬油、砂糖，若其原料為基改，仍然需要標示基改，但可以註明已不含基改成份。
我國基改食品的狀況
從1996年美國逐漸開始生產基改大豆、玉米與油菜籽，我國就也逐漸進口基改產品，其中消費者吃最多的是大豆。
我國大豆進口量每年約250萬噸，主要作為飼料與大豆油原料，其中僅約20萬噸作為加工食品原料，如豆漿、豆腐、豆花、豆干、豆粉、素食加工品(植物肉)等。
基改大豆進口主要是散裝在船艙，或者甲板上面的貨櫃，供作飼料用的大宗原料，號稱「統豆」。業者由統豆選出外表狀況佳者，稱為「選豆」，作為食品原料。
進口基改統豆都在密閉的船艙，或者曝曬陽光下的貨櫃，經過35-40天的船期才上岸，儲藏條件很差，可能滋長黴菌或害蟲而需要薰蒸。
最早提供非基改豆腐的，就是主婦聯盟消費者合作社的前身，綠主張公司。該產品是由進口小包裝，「食品級」非基改大豆做成的。
在2008年以前，進口非基改大豆作為食品原料的每年約只有2萬公噸，佔整個人吃的大豆製品僅10%左右。
在2020年，非基改大豆進口量已成長約到9萬公噸，達45%。也就是說，國人吃下肚的大豆製品，仍有55%是基改的。一般而言，非基改豆漿、豆腐較常見非基改產品，而豆干則較少見。
這一年進口的非基改玉米約2.9萬公噸，其中做為飼料用的佔很少數。
