杜邦的種子公司研發基改大豆，希望增加豆子的甲硫胺酸含量，來提高大豆營養價值。不過1996年的研究中，卻發現該基改大豆會讓自願試驗者產生過敏反應，但一般大豆卻不會。公司當然不拿這個基改大豆去申請上市。
約在2005年，澳洲研發抗蟲的基改豌豆，方法是把蠶豆澱粉酶抑制素的基因轉殖到豌豆。然而老鼠吸了基改豌豆所備製的懸浮微粒後，就得了肺炎，但是蠶豆的備製品卻不會。
就實際情況來說，由於上市的基改食品都有經過審核，因此沒有聽說過有發生過吃了馬上生病的案例，不過，政府的審查並沒有保證長期食用的安全性。
越來越多獨立研究發現審查過的基改食品，可能具有某些程度的健康風險。全球三百多位專家學者就指出：基改食物是否安全，仍無科學上的共識。
官方審查的侷限
各國官方對基改食物的審查，都要求申請者送件，包括基因改造的過程與內容，針對其食品與環境安全，也都是由申請者自行提供風險評估報告，讓政府的委員會加以審查。
各種評估報告中有一項是針對外源基因所產的的蛋白質，試驗是否具有導致過敏的風險。
以殺蟲基改作物為例，通常是把某細菌的殺蟲毒蛋白基因轉殖到作物，在作物身上表現該細菌基因，產生毒蛋白。
基改公司的評估方式是培養細菌，然後把細菌內所產生的毒蛋白抽出純化，接著混在飼料中餵養白鼠，期間數週，但通常不超過三個月。餵養試驗結束後檢查白鼠的健康狀況。
這標準作法至少有兩個缺點，第一，餵養試驗期間短，無法得知長期吃下去後是否有導致慢性病的風險。第二，同樣的基因，在細菌中所產生的蛋白質，與在農作物身上所產生的蛋白質，不會完全相同，在植物體中，通常會在蛋白質連接一些小分子。因此用來自細菌的毒蛋白來做試驗，不能代表農作物。
再者，轉殖一個基因，就檢驗該基因所產生的蛋白質，這是基於老的觀念，就是一個基因產生一個蛋白質，然而學術界幾十年前就推翻這個觀念，認為一個基因可能產生好幾個蛋白質，但這方面各國政府都沒要求查驗。
有些農作物在遠古時候，尚未馴化，還是野草階段，可能存在某個產生毒素的基因；經過農夫千百年的栽培選種，成為農作物後，該基因可能已經被關掉。
但是植物經過遺傳工程的轉殖，也可能把該已沒有作用的基因給重新打開，而產生了毒素。
這些可能出現的蛋白質、毒素，官方並沒有要求申請者進行檢驗，因此到底有沒有健康風險，也就不得而知。
基改作物的嘉磷塞風險
種植耐除草劑基改作物，除草劑必然會多噴幾遍，其後果就是收穫物的除草劑殘留量會提升；其中顯著的就是嘉磷塞。
美國環保署應孟山都的要求，已經提高許多農作物嘉磷塞的法定殘留容許量，2013年再度把大豆的20 ppm提高到40 ppm。我國大豆的容許量定在10
ppm，但國人吃的毛豆(未成熟大豆)量遠低於大豆，容許量卻訂為0.2 ppm。
德國民團在2013年赴阿根廷調查基改大豆的嘉磷塞殘留量，發現多個樣品超過30 ppm，更有一件高達90 ppm。
那麼，嘉磷塞有沒有健康風險？
世界衛生組織的國際癌症研究署在2015年認定嘉磷塞會讓動物致癌，也很可能讓人類得癌。不過歐盟與美國主管機關卻堅持嘉磷塞「很不可能」讓人類得癌。
這樣的差距來自所根據的研究報告。
世衛機構所審查過的191篇報告全都來自經審查的公開論文，美國環保署審查的151篇中有95篇是業者未公開報告，其中只有1篇認為嘉磷塞有風險。反之，211篇公開論文中有156篇認為嘉磷塞有風險，主要是具基因毒性，而基因毒性是導致癌症的可能原因之一。看起來，美國環保署的認定有所偏差。
阿根廷流行病學研究發現，廣種基改作物的地區，其罹癌率偏高，最高的是全國平均值的兩倍。
美國長期施用嘉磷塞者頻傳罹患非何杰金氏淋巴瘤，紛紛告上法院，已有三組原告勝訴，孟山都需要巨額賠款。已購併孟山都的拜耳公司目前面臨數以萬計類似的官司，深覺頭痛。
基因轉殖新產品的風險
在2014/15年代，美國核准蘋果與馬鈴薯的基轉基改品種，採用的技術與過去的不一樣，稱為RNA干擾術。所轉殖的基因會產生特殊的雙股RNA，該雙股RNA會干擾蘋果、馬鈴薯特定酵素的形成，而產生新的特性。
該基改蘋果在市場稱為「Arctic蘋果」，果肉中缺乏酚氧化酶，切片後果肉比較不會褐化。
該基改馬鈴薯的商品名是「Innate馬鈴薯」，製造天冬醯胺酸的酵素不會出現，因此薯條中不含天冬醯胺酸，據說馬鈴薯烤焦了之後，不會出現丙烯醯胺。丙烯醯胺常見於烘培類食品，包括洋芋片、黑糖、杏仁果、油條、薯條、咖啡、餅乾等，會不會致癌到現在還沒有定論。
這類基改食物的特點就是會含有外來的雙股RNA，不過因為不是蛋白質，因此美國官方也沒有要求針對雙股RNA或其可能的副作用進行健康風險評估試驗。
替Simplot公司研發Innate馬鈴薯的研究人員，Caius
Rommens博士後來退出該公司，並出版《潘朵拉的馬鈴薯：最糟糕的基改作物》一書，指出Innate馬鈴薯含有一些化學物質，可能有害人體健康。
澳洲在2010年代就用RNA干擾術做出低升糖指數的基改小麥，然而學者就指出，此基改小麥可能引發致命的肝臟疾病。該基改小麥被抑制的酵素，與人類製造肝醣的酵素類似。因此若該基改小麥的特殊RNA傳到人體，可能導致肝醣製造功能受損，兒童更是危險。
基因編輯產品的風險
(另見9.)
