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基因改造產品安全嗎？
基改科技雖然具有上述的優點，但國際間對這項科技之安全性仍有不少保留的觀點，這些觀點的理由主要在於基改技術涉及遺傳物質在物種間移殖，這種超越自然現象的科技，有可能導致生態與食品的安全問題。
一、食品安全
一般而言，社會大眾對於食用基因改造食品對人體健康的關切以玉米的星連（StarLink）事件，與馬鈴薯的溥
之泰（Pusztai）事件最為有名。
(1)
星連事件：星連玉米是某基改玉米的商品名，該品種轉殖了蘇力菌的抗蟲基因；美國環境保護署在一九九八年核准使用為家畜飼料用，但禁止作為人類食品。然而生產運輸過程因管理不當，星連玉米與供人食用的玉米混合，並造成十餘人宣稱食用該食品後發生過敏反應。日本因此將混有星連的進口玉米整船勒令退回美國。美國若干大食品業者也抵制購買，聯邦政府更要求種子公司付給農民高達十億美元的賠償金，同時停止販售星連玉米的種子。然而到目前為止，仍然未能證實人類食用星連玉米所含的殺蟲蛋白質，真的會發生過敏反應。
(2)
溥之泰事件：蘇格蘭的溥之泰博士 (Arpad Pusztai) 在一九九八年試驗發現用某基改馬鈴薯餵食老鼠，會使老鼠生長遲緩，免疫系統失調。溥之泰公開實驗結果後引起喧然大波；後來其他科學家發表試驗結果，認為溥之泰的試驗不足採信，溥
之泰被迫離職；但真正的答案，就是該基改馬鈴薯是否安全仍然懸而未決，而那個特定的基改馬鈴薯也就不再上市。
雖然各界對於這兩個事件的正確性有不同之解讀，而兩者都欠缺強而有力的科學證據加以支持，不足夠用來證明基改產品的不安全。然而這些事件仍然讓不少國家的消費者對於基改食品的安全性產生疑慮。
由於不同的基改生物，外來基因插入的部位不會相同，因此每一個新的基改生物體的安全性都不一樣，所以這是為什麼每一個新的基改生物體都要接受安全性審查的理由。已經通過某國家食品安全檢查的基改生物體一般來講，到目前為止，還沒有發現對該國國人健康有什麼不好的影響。
不過還是有人擔心基因改造食品會長久食用後引發問題。基改生物體所轉殖進去的基因會產生新的蛋白質，這個蛋白質是否安全是可以進行短期試驗的。可是由於轉殖進去的構築體包含有一段促進基因，這個促進基因所殖入的位置在目前是無法掌控的。接受者生物體本身可能含有某些某毒素基因，因為沒有表現出來，所以其產品是安全的。一但促進基因所殖入的位置恰好導致該毒素基因因此而表現，該植物就會產生那個毒素出來，而這個毒素因為科學家無法預知，當然也就無從審查是否安全，也就有可能在長久食用後引發問題，雖然至目前為止尚未發生過這樣的案例。
此外構築體所用的篩選基因若是抗抗生素基因，人類生食該基改作物，可能在腸中因停留時間較久，而導致抗抗生素基因移轉寄去細菌，產生抗抗生素的新菌種，將來引起治療時所用的抗生素沒有效果。當然這個機率不高，到目前也都僅是推測而已。
二、生態環境安全
除了對人體健康的安全疑慮之外，國際間對於基改產品的關切還包括生態環境方面，而其為害可能是轉殖基因本身所引起的，或者因為生產轉殖生物的操作所引起的：
(1)
危害非目標生物：抗蟲基改玉米主要是用來對付玉米螟蟲的危害，不過美國科學家曾發現馬利筋葉片沾滿基改抗蟲玉米的花粉，若餵食帝王蝶幼蟲，幼蟲容易死掉。後來的研究發現這種實驗室的結果不太會發生在自然界，因為在田間馬利筋葉片不會沾上讓帝王蝶幼蟲足夠致死的花粉量。然而基改作物的花粉還是有危害到其他生物的潛在可能。廣泛的種植抗除草劑基改作物，會因除草劑的積極使用而降低野草多樣性，導致有益昆蟲所要吃的植物不見，無法覓食而死亡。昆蟲種類、數目減少，更可能影響到整個生態系。
(2)
轉殖生物的強勢化：基改鮭魚所以引起強烈的反彈，就是恐怕基改魚生長勢太強，會導致野生鮭魚族群因競爭力小而受到絕種的威脅。抗旱基改作物本身若野草化，或許也可能成為新的耐旱型雜草，而危害到其他植物族群。
(3)
產生新的有害生物：基改作物花粉傳到同類屬的雜草型植株上，可能使得該雜草成為強勢雜草，而危害到其他植物族群。抗蟲基改作物全身製造對害蟲有毒的蛋白，因此整天害蟲都會接觸到那個毒素，可能較快產生抗性的新變種。基改生物體不論動植物或微生物，在自然界中期殘骸逐漸經過分解後，與其他微生物接觸，偶然的機會下發生該基因轉入其他生物體，主要是細菌、病毒或嗜菌體上，而可能造成危險的新病原。不過目前雖有產生抗除草劑的雜草出現，但上不能證實是因為基改作物的種植所引起的，也還沒有造成嚴重的威脅。其他新的有害生物目前也還未發現。
(4)
農產品受到混雜：基改作物在生長期間花粉可能傳授到鄰近一般品種身上，而將轉殖基因帶入一般品種。基改作物採收後部分種子會落到田中；收穫的種子在調製或運輸的過程中也可能混入一般品種的種子內，造成混雜。這個已經有很多的案例發生。
http://gmo.agron.ntu.edu.tw/sym2004/gmobrochure.pdf
郭華仁 、牛惠之 (編) 2004「認識基因改造產品」
四之二，進一步參考資料：
基改生物之環境風險
摘要
GM食品安全與健康風險
摘要
投影片
GM/GMF風險評估與風險管理方法
摘要
全文
