基因改造作物種植二十多年來，最大的問題在於超級雜草、超級害蟲的出現。
超級雜草：耐除草劑的基改作物中，以可忍受嘉磷塞除草劑的佔多數，因此在美國該類除草劑的用量大增，若干雜草就演化出嘉磷塞殺不死的變異，就好像抗生素可殺死病菌，可是用多了，就會產生抗生素殺不死的超級病菌一樣。
美國農民種基改種子，就是希望噴除草劑把雜草殺光，而作物不受影響。現在超級雜草出現，基改種子形同失效，農民會不再買高價的基改種子嗎？
基改公司沒在怕，推出可以忍受兩種除草劑的基改作物，教農民多買一種除草劑來噴，就能夠殺死超級雜草。
將來若演化出抗兩種除草劑的超級雜草呢？沒問題，基改公司還是可以做出可以忍受三種除草劑的基改作物，只要農民願意噴三種除草劑。
問題是好用的除草劑就是那麼幾種，孟山都推出的是可以忍受嘉磷塞與汰克草(dicamba)兩種除草劑的基改種子，就是汰克草出大紕漏。
汰克草較容易揮發而漂浮於空中，種基改的大戶農家用直升機或大農機噴汰克草，很容易傷害到鄰田非基改農作物，就有桃樹農損失約150萬美元，因而告官，後來約十個州的農民紛紛出來打官司，法官也判定環保署需要撤銷汰克草的核准令。
超級害蟲：
同一種抗蟲基改作物把主要害蟲控制住了，田間次要的害蟲就成為主要的害蟲，這個害蟲可能不怕殺蟲毒蛋白，因此新的蟲害就成為問題。基改公司為了讓農民繼續買他的種子，因此推出雙抗基改種子，作物體內含有兩種不一樣的殺蟲毒蛋白，這樣兩種害蟲都可以控制下來。
化學農藥隔一段時間才噴一次，抗蟲基改作物全身上上下下每個細胞，每天24小時隨時存在殺蟲毒蛋白，因此種了沒幾年，害蟲就可能出現突變，毒蛋白再也殺不死，成了超級害蟲。
超級害蟲出現，種基改種子就無法再抵抗特定的害蟲，農民要不就另再噴農藥，要不就不再買基改種子。
基改公司沒再怕，轉殖一個殺蟲基因失效，那就加重劑量，轉殖兩個基因，產生濃度更高的毒蛋白，突變害蟲暫時就控制住了。
基改公司會把兩種以上，不同的基改品種混合成一個「混合品種」，最有名的就是稱做SmartStax的耐除草劑抗蟲玉米，這個基改玉米轉殖了來自細菌的九個基因，三個耐除草劑基因中用一個對付嘉磷塞，用兩個來殺死固殺草除草劑。六個殺蟲毒蛋白，其中三個分別對付玉米螟、麟翅目害蟲、秋行軍蟲，另外的三個毒蛋白就用來對付頑強有突變的切根蟲。
吃下這種玉米，也就吞下了九種細菌的蛋白質，其中還有四種殺蟲毒蛋白。
