在農業問題上，不光是開發中國家和已開發國家之間的意見分歧，美國和歐盟之間也存有相當的歧見。美國正通過WTO爭端解決模式對歐盟拒絕美國基因改造食品進口的做法提出挑戰。如果WTO裁定歐盟違背WTO規則，則美國就可能迫使歐盟接受更多的基因改造食品，或者接受巨大的經濟處罰。此外，美國一再強調，歐盟的農業補貼是美國的3倍，美國可以停止農業補貼，但前提是其他國家也必須採取同樣措施。
因為農業涉及到各國的基本利益，所以農業問題就國際會議而言一直都是一個複雜問題。在農業問題上，已開發國家和開發中國家立場不同，已開發國家之間也有彼此不同的看法。對於開發中國家而言，由於各國農業生產和進出口情況不同，其利益和要求也各有不同。因此，專家認為，本次會議沒能在農業問題上達成協議是可以理解的；因為農業問題除了受到各國不同利益的相互制約外，還受到各國內部存在不同階層因素的影響，因此各成員在農業問題上讓步的空間很小。因此農業問題談判將是一個長期的過程。由於美國明年將舉行大選，歐盟將接納新成員，關於農業問題的談判將會持續更長時間。
歐盟對GM作物、食物禁令 發展史
歐盟自從1998年10月起，開始禁止任何實驗或商業栽種的任何基因改造作物，範圍甚至擴及
到任何進口基因改造食品。在此之前，已經有18種GM植物已被核准，包括了玉米、油菜、菊苣、大豆等。
*1998年 4月 歐盟最後一件申案核准GM食物通過。
*1998年 10月 歐盟允許二件生物科技康乃馨(增進花期及改變花色)，此為最後二件被歐盟允許的GM植物；至此，美國認為歐盟已經關閉了GMO之路。
*1999年 6月 在歐盟環境會議上，法國和希臘提出暫緩GMO通過提案，獲得義大利、丹麥、盧森堡、比利時及奧地利的同意。
*2000年 1月 歐盟執行委員會通過，在產品中若有含GMO的DAN或蛋白質成份，需作標示。
*2000年7月 歐盟環境部
